Po jeho úspěšném zakončení bylo připravováno na 27. ledna 1944 slavnostní zahájení pravidelného provozu.
Toto se konalo v 11 hodin v sále Velkého kina za přítomnosti vedoucích představitelů města i německých okupačních orgánů. Mimo fotografií ze slavnostního stříhání pásky se zachoval i koncept projevu náměstka starosty Josefa Zavrtálka (který byl pronesen samozřejmě v německém jazyku). Vyzvednuty byly zejména zásluhy ing. Viléma Peciny o prosazení a zřízení trolejbusového provozu.
O tom, že zahájení pravidelné dopravy bylo v té době velmi sledovanou a výjimečnou událostí svědčí i řada dobových novinových článků.
O výstavbě, zahajovacím aktu a první jízdě trolejbusu ulicemi města natočili kameramani zlínských ateliérů krátký film a pořídili bohatou fotografickou dokumentaci. Tyto materiály se však bohužel nepodařilo v archivech vypátrat.
Provozovatelem trolejbusové dopravy tedy byla Zlínská dopravní akciová společnost, v jejímž čele stál ředitel ing. Vilém Pecina. Společnost zaměstnávala 48 zaměstnanců, z nichž přesně polovinu tvořil jízdní personál – řidiči a průvodčí.
Všední dny provozu městské trolejbusové dráhy však neměly dlouhého trvání.
Letecké bombardování Baťových závodů 20. listopadu 1944 poškodilo závodní elektrárnu, trolejové vedení linky "C" v úseku Náměstí Práce – Strhanec a řadu dalších zařízení, což citelně narušilo provoz.
Ani osvobozování města Zlína dne 2. května 1945 se neobešlo bez škod na provozním zařízení.
Svědčí o tom dopis z 5. 5. 1945, adresovaný Zlínské dopravní a.s., podepsaný náměstkem starosty Zavrtálkem :
"Dovolujeme si Vás upozornit, že v různých úsecích města jsou spadené dráty hlavního trolejbusového vedení, které brání v provozu, a žádáme Vás zdvořile, abyste Vašimi zaměstnanci provedli v tomto směru nápravu, aby při event. zapnutí el. proudu nedošlo k úrazu. Takovýmto způsobem zabezpečte měděné dráty proti případným krádežím."